Minamoto no Yoritomo, nghi ngờ sức mạnh của người anh em mình, phát động nhiều đợt tấn công chống lại Yoshinaka. Yoshinaka muốn chiếm các vùng đất của Yoritomo, vốn trước đây rất lâu thuộc về cha của Yoshinaka. Mặc dù hai người hòa giải với nhau và đồng ý rằng nên tập trung vào kẻ thù chung, nhà Taira, kẻ thù này vẫn mạnh trong suốt cuộc chiến. Bị ép phải công nhận Yoritomo là người đứng đầu gia tộc và gửi con trai mình Yoshitaka đến Kamakura làm con tin, Yoshinaka sẽ không thực sự sát cánh cùng người anh em họ trong phần lớn thời gian của chiến tranh. Ông muốn tự mình đánh bại nhà Taira và tiến vào Kyoto trước Yoritomo, tuyên bố chiến thắng và giành lầy danh dự và quyền lực.

Để xoa dịu mối nghi ngờ về sự phụ bạc hay phản bội của Yoritomo, Yoshinaka sống sót sau một trận tấn công vào thành của ông ở Hiuchiyama bởi Taira no Koremori và chạm trán với Koremori một lần nữa trong Trận Kurikara. Chiến thắng của Yoshinaka cho nhà Minamoto tại Kurikara, hay còn gọi là Trận Tonamiyama, là bước ngoặt của cuộc chiến. Qua chiến thuật sáng tạo, các đơn vị tài giỏi của quân đội ông và hàng loạt các chiến thuật nghi binh, lừa địch, Yoshinaka gián một đòn đau với nhà Taira, khiến họ phải bỏ chạy, hoảng loạn và mất tinh thần.

Thất bại của nhà Taira tại Kurikara nặng nề đến mức mà vài tháng sau, họ bị vây hãm tại Kyoto, với Yoshinaka tiến về thành phố từ hướng Đông Bắc và Yukiie từ phía Đông. Cả hai lãnh đạo của nhà Minamoto hầu như không gặp sự kháng cự trên đường hành quân về thủ đô và giờ buộc nhà Taira phải tháo chạy khỏi thành phố. Taira no Munemori, tộc trưởng từ khi cha ông Kiyomori qua đời, dẫn quân, cùng với Thiên hoàng Antoku trẻ tuổi và ba thần khí của Nhật Bản, đến thành trì của gia tộc mình ở phía Tây, đảo Honshū và Shikoku.